Eclipseプロジェクトフォルダの直下に .git がある場合はちゃんとアイコンオーバーレイも表示されるしプロジェクトアイコン右クリックのチーム("Team")メニューにEGitの用意してくれたサブメニューがちゃんと表示されて利用できる。
some_prj/
.classpath
.project
.git/
src/
bin/
...
↑は問題なし。
ところが、複数Prjが.gitのある階層の下に並ぶと、EGitからインポートしてもアイコンオーバーレイ表示されないしプロジェクトアイコン右クリックしてもTeamにEGitが出てこない・・・。
some_projects/
.git/
prj1/
.classpath, .project, src/, bin/, ...
prj2/
.classpath, .project, src/, bin/, ...
↑これでハマった・・・。
ちょこっとだけggrksしてみたらStackOverflowとかにも何やら似たようなトラブルが載っているっぽい・・・。まぁ、特にgitのデータベースが壊れるとかそういった現象ではない。単純に、Eclipseプロジェクトフォルダより上位階層までは .git/ の存在を確認してないだけかもしれない。なので、最悪、git操作はターミナル等のCUIからおこなっても問題ない。
ちなみに、MercurialEclipseではちゃんと上位の .hg/ ディレクトリを認識してくれました。